違いは、機能性と使いやすさにあると思います。やはり有料ソフトが無料ソフトよりも優れている場合が多いので、ここでは無料ソフトに焦点を当てて考えてみます。
【無料で機能が多いソフトの場合】
無料で機能が多いソフトは、使いにくい傾向があります。例えば、機能に優れた無料ソフトの殆どが外国産であり、操作サポートも外国語の場合が多いことが挙げられます。そのため、外国語が苦手な人の中には、よく分からない機能に困惑することがあります。インターネットで調べれば解決方法が得られると思いますが、時間の浪費やストレスになります。編集初心者は、このタイプのソフトを避けることをお勧めします。
【無料で使いやすいソフトの場合】
無料で使いやすいソフトは、機能が少ない傾向があります。使いやすさを重視しているため、多くのシーンで必要とされる機能以外は省いているようです。編集初心者又は、単純な編集を望む方にとっては良いと思いますが、中級者~上級者にとっては機能が物足りないと感じる人は多いでしょう。
【無料ソフトにあり、有料ソフトにないもの】
基本的にはありません。ただ、時間を惜しまないのであれば無料ソフトを組み合わせることで、殆どを補うことも可能だと考えています。(質は落ちますが…。)
時間がある方で、高品質を求めない方は無料ソフトを選ぶことをお勧めします。それに対し、時間が限られている中で、高品質を求めているのであれば、やはり有料ソフトをお勧めします。